In de middag van 15 april 1945 bereikt een Canadese tankcolonne het museum vanuit de richting van het vliegveld Deelen. De troepen besluiten door te trekken om ook Otterlo te bevrijden. Maar bij de ingang van het park ontstaat een hevig gevecht met de daar gestationeerde Duitse militairen. Wanneer de nacht valt, trekken de Canadese soldaten terug naar het museum. Op het dak liggen scherpschutters en rondom het museum staan tanks, zelfs één boven op de schuilkelder. Na zware gevechten met veel slachtoffers wordt Otterlo door de Canadezen bevrijd.

De troepen, onder leiding van luitenant-kolonel Gerald Levenston, blijven nog een aantal dagen bij het museum in afwachting van de uitkomst van de capitulatieonderhandelingen die plaatsvinden in Hotel de Wereld in Wageningen. Levenston blijkt een groot kunstliefhebber en Auping en hij raken bevriend.

Kort daarna, op 18 april 1945, wordt Sam van Deventer opgepakt door het Militair Gezag op verdenking van collaboratie met de Duitse bezetter. Hij wordt ontheven van al zijn bestuursfuncties en geïnterneerd, net als zijn Duitse echtgenote Mary Lehnkering, haar dochter en hun zoontje van 5, in afzonderlijke kampen bij Ede. Er volgt een langdurig onderzoek naar zijn handelen tijdens de oorlogsjaren. Op 17 mei 1945 wordt Willy Auping benoemd tot conservator, ‘belast met de waarneming van het directeurschap’ van Rijksmuseum Kröller-Müller en secretaris van de Stichting Het Nationale Park De Hoge Veluwe. De rol van Van Deventer op de Veluwe is daarmee uitgespeeld. In 1948 wordt hij door de minister van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen oneervol ontslagen als directeur van het museum. 

Na de bevrijding van Nederland op 5 mei willen de patiënten en de medewerkers van het Rode Kruis zo snel mogelijk terug naar Arnhem. Daar wordt een nieuw noodziekenhuis ingericht, waar de patiënten uit Otterlo worden ondergebracht. Op 1 juni is het museum ontruimd. Van der Voort Maarschalk schrijft aan Auping: ‘De meest felle contrasten hebben wij in en naast ons Rode Kruiswerk samen beleefd in een tijd waarin alles scheen af te breken, maar altijd weer heb jij mij herinnerd aan het - ondanks alles - altijd blijvende: de kunst en de kunstenaar. Dit is voor mij het resultaat van “Otterlo” waarvoor ik je altijd dankbaar zal zijn.’